O Arquivo Histórico enquanto instituição teve a seguinte trajetória em sua existência:

1ª fase

 - inicialmente em uma pequena sala no antigo prédio da Prefeitura, na Rua Almirante Alvim, tendo como Diretora Profª Nelma Baldin.

2ª fase

- transferido e oficialmente inaugurado em 1995 passando a funcionar em uma casa na Rua General Bittencourt, assumiu sua Direção Marilene Filomeno Machado Ribeiro e em seguida, Leda Rosa Cardoso Vieira, que permaneceu até janeiro de 2002.

3ª fase

- transferido em 1996 para o prédio administrativo da Prefeitura, na Rua Conselheiro Mafra, 656 - Centro, que permaneceu até a primeira quinzena de novembro de 2004.

De fevereiro de 2002 até 31 de dezembro de 2004, teve como Diretora Suely Veiga Quinteiro.

4° fase

 - Novas instalações, localizadas na praça XV de Novembro, esquina com a rua Tiradentes, Centro de Florianópolis. Inauguradas em 25 de novembro de 2004. Diretor é o senhor Antônio Dario Neves.

Atualmente

-Localizadas na praça XV de Novembro, esquina com a rua Tiradentes, Centro de Florianópolis- Diretora Maisa Butemberg Vieira

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