A utilização e preservação do Bioma Mata Atlântica deve ter como objetivo o desenvolvimento sustentável, a proteção da biodiversidade, da saúde humana, dos valores paisagísticos, estéticos e turísticos, do regime hídrico e da estabilidade social.
O Diretor Superintendente da FLORAM, Gerson Basso, afirma que "em relação ao empreendimento realizado na Mata Atlântica, são observados os princípios da função socioambiental da propriedade, da prevenção, da precaução, da transparência dos atos e da gratuidade dos serviços administrativos prestados à população".
A proteção e a utilização do Bioma Mata Atlântica poderão acontecer dentro de condições que assegurem:
I - a manutenção e a recuperação da biodiversidade, vegetação, fauna e regime hídrico para as presentes e futuras gerações;
II - o estímulo à pesquisa, à difusão de tecnologias de manejo sustentável da vegetação e à formação de uma consciência pública sobre a necessidade de recuperação e manutenção dos ecossistemas;
III - o fomento de atividades públicas e privadas compatíveis com a manutenção do equilíbrio ecológico;
IV - o disciplinamento da ocupação rural e urbana, de forma a harmonizar o crescimento econômico com a manutenção do equilíbrio ecológico.
O corte e a supressão da vegetação primária do Bioma Mata Atlântica somente serão autorizados em caráter excepcional, quando necessários à realização de obras, projetos ou atividades de utilidade pública, pesquisas científicas e práticas preservacionistas.
Em relação as penalidades, a ação ou omissão das pessoas físicas ou jurídicas que resultem em dano à flora, à fauna e aos demais atributos naturais, sujeitam os infratores às sanções previstas em lei, em especial as dispostas na Lei no 9.605, de 12 de fevereiro de 1998, e seus decretos regulamentadores.
Segundo a Lei nº 9.605, de 12 de fevereiro de 1998, aquele que destruir ou danificar a vegetação primária ou secundária, em estágio avançado ou médio de regeneração, do Bioma Mata Atlântica, ou transgredir as normas de proteção, receberá a seguinte pena:
I - Detenção de 1 a 3 anos, ou multa, ou ambas as penas cumulativamente.
II - Se o crime for culposo, a pena será reduzida à metade.