A Resolução CONAMA nº 413, de 26 de junho de 2009, considera os benefícios nutricionais, sociais, ambientais e econômicos que estão geralmente associados ao desenvolvimento sustentável e ordenado da aquicultura.
A resolução prevê a necessidade de ordenamento e controle da atividade aquícola com base numa produção ambientalmente correta com todos os cuidados na proteção dos remanescentes florestais e da qualidade das águas, inclusive em empreendimentos já existentes.
O Diretor Superintendente da FLORAM, Gerson Basso, afirma que "o licenciamento ambiental de empreendimentos aquícolas localizados em águas de domínio da União, deverão seguir as normas específicas para a obtenção de Autorização de Uso de espaços físicos de corpos d’água".
Os empreendimentos aquícolas de pequeno porte e os de médio porte com baixo potencial de severidade das espécies poderão, a critério do órgão ambiental, ser licenciados por meio de procedimento simplificado, desde que:
I - não estejam em regiões de adensamento de cultivos aquícolas, assim definido pelo órgão ambiental licenciador;
II - não seja ultrapassada a capacidade de suporte dos ambientes aquáticos dulcícolas públicos;
III - não demandem a construção de novos barramentos de cursos d’água;
IV - não se encontrem em trecho de corpo d’água que apresente floração recorrente de cianobactérias acima dos limites previstos na Resolução CONAMA nº 357, de 2005, e que possa influenciar a qualidade da água bruta destinada ao abastecimento público.
A instrução inicial do processo de licenciamento ambiental de empreendimentos de aquicultura deverá incluir os seguintes requisitos:
I - apresentação pelo empreendedor de requerimento de licenciamento ambiental;
II - classificação do empreendimento aquícola pelo órgão ambiental;
III - apresentação dos documentos e das informações pertinentes, de acordo com o enquadramento do empreendimento.
A atividade de aquicultura somente será permitida quando houver a utilização de espécies autóctones ou nativas, ou, no caso de espécies alóctones ou exóticas, quando constar de ato normativo federal específico que autorize a sua utilização. O aquicultor é responsável pela comprovação da origem das formas jovens introduzidas nos cultivos.