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Enquanto a Taxa de Mortalidade Infantil no Brasil é de 21.17/1000 nascidos vivos, em Florianópolis está proporção é 8.4/1000 . O índice vem sendo mantido há mais de seis anos e de acordo com o secretário Municipal da Saúde, Clécio  Espezim,  Florianópolis é a capital brasileira com o menor índice de mortalidade infantil.

Houve queda abrupta da mortalidade materna, inclusive por alguns anos esteve zerada, e na transmissão do vírus HIV. A capital catarinense se destaca ainda por não ter em sua história um único registro de caso autóctone de Dengue, embora seja um dos principais destinos turísticos do país.

Nas campanhas de vacinação promovidas pelo Ministério da Saúde em que está incluída, a cidade de Florianópolis vem constantemente ultrapassado as metas predeterminadas. Também se destaca na prevenção do câncer cérvico uterino e nas áreas de Saúde Bucal e Saúde do Escolar, entre outras. 

Nos últimos sete anos o número de Equipes de Saúde da Família saltou de apenas 49 para um total de 116, sendo com mais de 90 por cento a que apresenta uma das maiores cobertura entre as cidades do seu porte no Brasil. Neste mesmo período o número de servidores lotados na Secretaria de Saúde do município passou de apenas 725 para mais de 2.300, sendo 85 por cento concursados e efetivos.